南京尹姓是一个多民族、多源流姓氏，其来源及其复杂。据考证尹姓分别源自少昊，西周作册尹佚，官名兮甲，少数民族汉化。
1、源于少昊，殷封尹城。
出自少昊的后代，以邑为姓。唐代张九龄所撰谱牒《姓源韵谱》记载：少昊的儿子殷，执掌工正，被册封在尹城，他的后代子孙都以此为氏。
另据《通志氏族略以邑为氏》等所载，据说少昊为古代东夷族的首领，号金天氏。
东夷族以鸟为图腾，相传他曾以鸟名为官名，设有工正和农正。管理手工业和农业，少昊之子为工正，主制工失，被封于尹城，世称尹殷。子孙世掌其官职。殷的后代多用封邑名“尹”作为姓氏，周朝时尹氏子孙的封地一直在尹这个地方。是为河南尹氏和山西尹氏。
2、源于西周作册尹佚，官尹始祖。
《清华简》记为“作册逸”，尹佚，也称史佚， 曾受命观察天文、制订历法并且记录周王的言行和天下大事。
尹佚死后，“作册尹”就成为了西周沿袭商朝所设的王宫内廷史官官僚机构，职责为帮助周天子起草文书，主持策命诸侯及卿大夫，兼任神职。西周灭亡后，尹氏获封邑，称“尹邑”（河南宜阳县），属周王朝的畿内国。
公元前516年，尹国兵败灭亡，国人遂以“尹”为姓氏。
3、出自兮甲，以官为氏。
据《风俗通义》所载：兮甲，字伯吉甫，是周宣王的中兴大臣，担任的官职是内史。西周时内史又称“内史尹”或“作册尹”，简称“尹”，世称兮伯吉甫为“尹吉甫”。
兮伯吉甫死后，嫡子伯封承袭了官职。西周灭亡后，伯封跟随周平王东迁获得了封邑，称“尹邑”（今河南新安县），属周王朝的畿内国。公元前516年，尹国兵败灭亡，国人遂以“尹”为姓氏。
4、源流四：出自少数民族汉化。
出自少数民族汉化。据《清朝通志·氏族略》记载，蒙古族博尔济吉特氏、叶古禄特氏、音斋氏有的汉化尹姓；满族锡伯族章佳氏有汉化为尹氏者；今白族、苗族、壮族、朝鲜族等均有尹姓分布。
尹姓的来源源流＿：源于少昊，以邑为氏。少昊是远古时期羲和部落的后裔，古代东夷族首领。