万历皇帝有两位皇后。王喜姐和孝靖皇后王氏
王氏（1564年－1620年），名喜姐（姚南双雁黄氏宗谱所载，注：《明史》所记载的后妃本名只有明宣宗的胡善祥和郭爱），原姓黄。浙江省绍兴府余姚县（今浙江省余姚市）人，生于北直隶顺天府大兴县（今北京市）。明神宗朱翊钧的皇后，荣昌公主朱轩媖之母。
万历五年（1577年），时年仅十四岁的王喜姐被选入宫中，册为皇后。万历九年（1582年）十二月初四，生皇长女荣昌公主朱轩媖。万历二十四年（1596年），抚养李贵妃的二子惠王朱常润、桂王朱常瀛。王皇后善于规劝调和，多次在神宗面前保护时为皇太子的明光宗朱常洛，褒奖贤良正直的大臣。又时常分出自己的用度赈灾以及发军饷，是以她的美名遍及四海。
万历四十八年（1620年）四月初六午时，王皇后崩，时年五十七岁，谥曰孝端皇后。光宗即位，上尊谥曰孝端贞恪庄惠仁明媲天毓圣显皇后。熹宗即位，于明神宗合葬定陵。
孝靖皇后王氏（1565年2月27日－1611年10月18日），宣府左卫（今河北省张家口市宣化区）人，明神宗妃，生有明光宗和云梦公主朱轩嫄。
孝靖皇后原为慈宁宫宫女，万历九年（1581年），明神宗往慈宁宫向李太后（明神宗生母）请安，一时兴起宠幸了她，后生下一个男孩，就是明光宗朱常洛。万历十年（1582年）封恭妃，万历三十四年（1606年）年晋封贵妃，同年被封皇贵妃，万历三十九年（1611年）九月去世。其孙明熹宗登基后，追封为孝靖温懿敬让贞慈参天胤圣皇太后，后改称皇后。
由于群臣和太后三十多年来一直坚定的支持她的儿子立为皇太子，违背了明神宗本人的意愿，王氏生前遭到百般摧残，凄惨一生；始终受到丈夫冷落、宠妃迫害、奴才欺凌，长期被幽禁；比较后面哭瞎双眼，悲愤而终。
万历（1573年-1620年七月），是明神宗朱翊钧的年号，明朝使用此年号共48年，为明朝所使用时间较好长的年号。
明神宗在位前十年，由于年幼，由母亲李太后代为听政，太后则将一切军政大事交由张居正主持裁决，实行了一条鞭法等一系列改革措施，社会经济持续发展，对外军事也接连获胜，朝廷呈现中兴气象，史称万历中兴。